Powstanie parafii w Duninowie należy wiązać z pracą płockich benedyktynów, którzy obsługiwali niewielki drewniany kościół św. Marcina zbudowany nad Wisłą. W 1470 r. opat Maciej zrzekł się tych praw na rzecz króla Kazimierza Jagiellończyka.
Parafia wówczas została przekazana pod zarząd kolegium wikariuszy katedralnych z Płocka.
Wizytacja z 1594 r. podawała, że ówczesna świątynia miała trzy ołtarze, a w 1739 r. zbudowano dwa następne. Stan jej był zły i w połowie XIX w., około 1860 r., zaprzestano odprawiania w niej nabożeństw. Od 1827 r. na cmentarzu grzebalnym istniała kaplica pod wezwaniem Świętej Trójcy, której prezbiterium mogło być zbudowane jeszcze w XVII w. Była to budowla murowana, orientowana, z prostokątną nawą. W niej od 1858 r. zaczęto odprawiać nabożeństwa przeniesione z kościoła parafialnego.
W 1800 r., parafia została włączona do diecezji włocławskiej, a następnie w 1818 r. do diecezji włocławsko-kaliskiej. Parafia duninowska powróciła do diecezji płockiej w 1925 r. .
Obecny duży, jednonawowy, neogotycki, murowany kościół pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP, zbudowany został w latach 1901-1911 staraniem ks. Mieczysława Kozakowskiego, z fundacji barona Alberta Ike-Duninowskiego i parafian. Konsekrował go w 1911 r. biskup włocławsko-kaliski Stanisław Zdzitowiecki. W czasie II wojny światowej, po aresztowaniu ks. Szczepana Ryglewicza w 1940 r., kościół był zamknięty. Po wojnie świątynię systematycznie odnawiano staraniem kolejnych proboszczów i parafian.
Patron parafii: św. Mikołaj
Tytuł kościoła: kościół parafialny pw. Niepokalanego Poczęcia NMP
Kaplice: cmentarna – pw. Trójcy Świętej, grobowa – rodu Ike-Duninowskich,
Dekanat: gostyniński
Miejscowości: Brzezinna Góra, Duninów Duży, Grodziska, Jeżewo, Kamion, Karolewo, Lipianki, Nowa Wieś, Nowy Duninów, Skoki Duże, Skoki Małe, Stary Duninów, Środoń, Trzcianno, Wola Brwileńska (część)
Proboszcz parafii: ks. Rafał Gutkowski
Katechetka: Joanna Łukaszewska–Frontczak
Organista: Artur Adamczewski
Kościelny: Krzysztof Jabłoński