Powstanie parafii w Duninowie należy wiązać z pracą płockich benedyktynów, którzy obsługiwali niewielki drewniany kościół św. Marcina zbudowany nad Wisłą. W 1470 r. opat Maciej zrzekł się tych praw na rzecz króla Kazimierza Jagiellończyka.
Parafia wówczas została przekazana pod zarząd kolegium wikariuszy katedralnych z Płocka. W 1800 r., parafia została włączona do diecezji włocławskiej, a następnie w 1818 r. do diecezji włocławsko-kaliskiej. Parafia duninowska powróciła do diecezji płockiej w 1925 r. Wizytacja z 1594 r. podawała, że ówczesna świątynia miała trzy ołtarze, a w 1739 r. zbudowano dwa następne. Stan jej był zły i w połowie XIX w., około 1860 r., zaprzestano odprawiania w niej nabożeństw. Od 1827 r. na cmentarzu grzebalnym istniała kaplica pod wezwaniem Świętej Trójcy, której prezbiterium mogło być zbudowane jeszcze w XVII w. Była to budowla murowana, orientowana, z prostokątną nawą. W niej od 1858 r. zaczęto odprawiać nabożeństwa przeniesione z kościoła parafialnego.
Obecny duży, jednonawowy, neogotycki, murowany kościół pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia NMP, zbudowany został w latach 1901-1911 staraniem ks. Mikołaja Kozakowskiego, z fundacji barona Alberta Ike-Duninowskiego i parafian. Konsekrował go w 1911 r. biskup włocławsko-kaliski Stanisław Zdzitowiecki. W czasie II wojny światowej, po aresztowaniu ks. Szczepana Ryglewicza w 1940 r., kościół był zamknięty. Po wojnie świątynię systematycznie odnawiano staraniem kolejnych proboszczów i parafian.

Patron parafii: św. Mikołaj
Tytuł kościoła: kościół parafialny pw. Niepokalanego Poczęcia NMP
Kaplice: cmentarna – pw. Św. Trójcy, grobowa – rodu Ike-Duninowskich, tymczasowa – w Szkole Filialnej w Lipiankach
Dekanat: gostyniński
Miejscowości: Brzezinna Góra, Duninów Duży, Grodziska, Jeżewo, Kamion, Karolewo, Lipianki, Nowa Wieś, Nowy Duninów, Skoki Duże, Skoki Małe, Stary Duninów, Środoń, Trzcianno, Wola Brwileńska
Proboszcz parafii: ks. Rafał Gutkowski
Katechetka: Joanna Łukaszewska–Frontczak
Organista: Łukasz Gołębiowski
Zakrystian: Zdzisław Kościeszyński
W parafii działają: parafialny zespół Caritas, Koła Żywego Różańca (6), lektorzy, ministranci, duet muzyczny, asysta procesyjna, schola,
Współpraca: Urząd Gminy Nowy Duninów, Grupa na Rzecz Inicjatyw Społecznych (Komitet Honorowy), OSP Nowy Duninów, OSP Lipianki

Obecnie parafia liczy 2455 osób. Ok. 1000 parafian zamieszkuje w Nowym Duninowie, pozostała część – w 14 wioskach. Parafia jest jedną z najbardziej rozległych terytorialnie wspólnot naszej diecezji. Skrajne miejscowości – Skoki Duże i Lipianki – dzieli odległość aż 19 km. Zdecydowana większość parafii położona jest na terenie gminy Nowy Duninów, dwie miejscowości należą do gminy Włocławek w województwie kujawsko-pomorskim. Mimo że gmina oficjalnie ma status gminy wiejskiej, nie jest jednak gminą rolniczą. Gospodarzy mamy tu niewielu, z uwagi na niezbyt dobre ziemie, a także względnie bliskie położenie od Płocka, Włocławka i Gostynina, z którymi to miastami nasi parafianie wiążą swoje życie zawodowe.
Stan religijno-moralny parafii nie odbiega od średniej w naszym regionie. Frekwencja na Mszach św. niedzielnych, odprawianych o godz. 9.00 i 11.30 (a raz na 2 tygodnie także o 15.00 w Lipiankach) wynosi ok. 20%. Na ten ogólnie nie najlepszy wynik, mogą mieć wpływ spore odległości, choć z drugiej strony da się też zauważyć pewien duchowy marazm. Zdecydowanie niekorzystny wpływ na wspólnotę mają częste zmiany proboszczów. W ciągu ostatniego ćwierćwiecza było ich siedmiu, co daje średnią długość pobytu niewiele ponad 3 lata. Zmiany te budzą w parafianach poczucie niepewności i zniechęcają do aktywnej pracy na rzecz parafii.
Niemal wszystkie rodziny przyjmują kapłana po kolędzie. Kapłani spotykają się tu na ogół z życzliwością parafian.
Na uwagę zasługuje dobra współpraca parafii z władzami gminy Nowy Duninów. W jej wyniku możemy w najbliższym czasie liczyć na dotację, wspierającą nasze prace na dachu kościoła. Parafia korzysta też z fachowej pomocy pracowników Urzędu w przygotowywaniu wniosków o dotacje na remont zabytkowych obiektów z różnorakich instytucji.
Ważnym odcinkiem pracy duszpasterskiej jest katecheza szkolna. Na terenie parafii – obok księdza – religii naucza katechetka – pani Joanna Łukaszewska – Frontczak. Godna podkreślenia jest wzorcowa współpraca wszystkich szkół z parafią, wielka życzliwość dyrekcji i nauczycieli dla przedsięwzięć duszpasterskich, czego wyrazem choćby udział uczniów i pedagogów w rekolekcjach, dorocznych uroczystościach religijnych i patriotycznych, a także przygotowywanie przez nich okolicznościowych apeli i wieczornic ku czci patrona szkół – Kard. Stefana Wyszyńskiego oraz Ojca Świętego Jana Pawła II.
Wszyscy kapłani pracujący w Duninowie starali się na miarę możliwości na bieżąco prowadzić prace materialne. Ostatnie lata to czas intensywnej pracy ks. Jana Włoczewskiego i ks. Józefa Żbikowskiego. Podczas proboszczowania ks. Włoczewskiego został dokonany m.in. remont kaplicy na cmentarzu, jak również zakupiono 10,5 tony blachy miedzianej na pokrycie dachowe kościoła. Wymieniona została część drzwi w kościele, przeprowadzono generalny remont organów; założono oświetlenie wokół kościoła; wymieniono 8 okien w kaplicy na cmentarzu.  Wyremontowano schody na chór i strych kościoła.
W latach urzędowania ks. Żbikowskiego założono ozdobne kraty do kościoła, zabezpieczono kratami kościół na cmentarzu, wymieniono częściowo więźbę dachową kościoła, pokryto dach nad główną nawą kościoła miedzią, wykonano część obróbek dachowych, ocieplono ławki w  kościele, wymieniono podłogę w jednym pokoju na plebanii, naprawiono także cztery okna w kościele.
Zakupiono: nowy baldachim z drzewcami, dwie chorągwie pogrzebowe, obrus ołtarzowy haftowany i welon eucharystyczny, złoty ornat, nagłośnienie na cmentarz. Założono także nagłośnienie na zewnątrz kościoła, wewnątrz zaś poprawiono.
W ciągu ostatnich kilku miesięcy, od momentu, odkąd funkcję proboszcza objął ks. Adam Łach, wykonano pokrycie dachowe miedzią nad zakrystią i boczną kaplicą, wykonano większość obróbek blacharskich na kościele, przeprowadzono generalny remont parteru plebanii, obejmujący położenie podłóg w pomieszczeniach mieszkalnych, całkowitą renowację trzech pokoi, kuchni i korytarza, wymianę wszystkich drzwi, wykonanie nowego węzła sanitarnego, kapitalny remont kancelarii, utworzenie archiwum parafialnego oraz częściową wymianę instalacji kanalizacyjnej. Do kościoła zakupiono kilka ornatów, nowy trybularz, dwa komplety ampułek, kilka kompletów ozdobnej bielizny